Linux (5) 썸네일형 리스트형 cnv calling R package [cn.mops] 설치하기 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/cn.mops.html cn.mops cn.mops (Copy Number estimation by a Mixture Of PoissonS) is a data processing pipeline for copy number variations and aberrations (CNVs and CNAs) from next generation sequencing (NGS) data. The package supplies functions to convert BAM files into read cou bioconductor.org 프로그램이 요구하는 R 버전과 required 패키지들을 갖춘 뒤 (없어도 cn.mops 설.. old version R ubuntu local에 설치하기 https://cloud.r-project.org/src/base/ Index of /src/base cloud.r-project.org 위 링크에서 이전 버전의 R을 로컬에 손쉽게 설치할 수 있다. 소스코드로 직접 컴파일 하면 되니 수도권한도 필요하지 않다 ! wget https://cloud.r-project.org/src/base/R-4/R-4.1.0.tar.gz tar -zxvf R-4.1.0.tar.gz cd R-4.1.0/ ./configure # configure 실행 시 에러 나서 다음과 같이 다시 실행 (에러와 함께 다음 옵션을 포함하라는 안내가 뜸!) ./configure --with-pcre1 make 리스트를 파일로 만들어두고 grep 수행하기 텍스트파일에서 특정 문자열을 포함하는 라인을 추출하고자 할 때 grep 을 자주 쓰는데 가끔 특정 문자열이 2개 이상일 때, 어떤 리스트 형태의 문자열들을 검색 대상인 텍스트파일에서 찾고 싶은 경우가 있다. 이를 테면 아래와 같이 Target gene list 가 있고, 전체 gene list에 대한 annotation file이 있을때 # target_genelist.txt gene1 gene2 gene5 #all.gene.annotation.bed chr1 11011 11040 gene1 chr1 1101144 1104090 gene2 chr1 2311011 2511040 gene3 chr1 3411011 3911040 gene4 chr1 11011011 11016040 gene5 다음과 같이 Tar.. 윈도우 -> 리눅스 텍스트파일 개행문자 제거 가끔 윈도우에서 생성된 텍스트파일을 리눅스로 옮겼을 때, 프로그램이 원하는대로 작동하지 않는 경우가 종종 있다. 석사 초기에 이런 문제가 있었을 때에는 대체 뭐가 문제야(..) 하고 몇 날을 고민했던 적도 있었던 것 같은데 (가물가물) 박사과정에 접어드니 몇 가지 확인해 볼 것의 우선순위가 잡히게 됐다. 그것 중에 하나가 ^M 으로 표시되거나, 아예 표시되지 않는 경우도 있는 개행문자 이다. 파일을 읽어 처리하는 프로그램에서 개행문자와 관련해서 에러가 발생하는데 도저히 어디가 문제인지 모를 때, 혹은 외부에서 받은 파일을 검토할 때 확인해야 하는 사항이라고 볼 수 있을 것 같고 - vi 로 텍스트 파일을 열었을 때 상태 표시줄에 [dos] 라고 표시되거나, - 파일을 열었을 때 한 줄의 끝에 "^M" 표.. [Genomics data processing] awk를 이용해서 bed format 을 chromosome 별로 분리하기 #basic awk '{close(f);f=$1}{print > f".bed"}' [input bed] #making path is also available awk '{close(f);f=$1}{print > "testdir/"f".bed"}' ./input_whole_genome.bed 이 카테고리에 처음 기록을 하게되어 쓰는 사족: 이런 저런 작업들을 하다보면, 인턴때나 석사 초기에는 직접 간단한 스크립트를 짜서... 데이터를 뽑고 그래도 그 와중에 조금씩 틀리기도 하고 고치기도 하고.. 하면서 작업을 했었던 것 같다. 그러다 조금 짬이 차니 그런 간단한, 반복적인, 언젠가 또 할 법한 작업들의 general한 형태 스크립트를 만들어 홈 디렉토리에 넣어두고 필요할 때 꺼내 조금씩만 수정해서 사용하다.. 이전 1 다음
