Paper review (18) 썸네일형 리스트형 인간 참조 범유전체 발표 관련 기사 공유 https://www.nih.gov/news-events/news-releases/scientists-release-new-human-pangenome-reference Scientists release a new human “pangenome” reference More complete and sophisticated collection of genome sequences captures significantly more human diversity. www.nih.gov 새로운 인간 참조 범유전체가 완성되었다는 소식입니다. 부제로는 보다 완성된, 또한 복잡한 유전체 시퀀스의 집합을 통해 인간 유전체의 다양성을 확보할 수 있다는 언급이 되어있습니다. 새로운 참조범유전체(Pangenome)은 47명의 인.. [ISMB2022] A context-aware deconfounding autoencode for robust prediction of personalized clinical drug response from cell line compound screening 본 글은 ISMB2022 에서 발표된 포스터 에 대한 리뷰입니다. https://drive.google.com/file/d/1sxP-WYLebeaW2nrt_MvsxGUyL23klMtz/view YouWuMLCSBposter_20220705155209.pdf drive.google.com Background: drug screening 본 포스터에서 drug screening 이라는 용어가 사용됩니다. 일반적으로 screening 이라는 용어는 약학, 화학, 생물학 등의 다양한 분야에서 물질의 효과를 발굴해내는 작업들에 광범위하게 사용되는데, 물질의 특성을 밝히는 큰 틀에서의 실험의 한 종류라고 보면 될 것 같습니다. 해당 작업의 목적에 따라 여러 유형의 screening 으로 구분되고 세부적인 실험들이 .. [논문 리뷰] A modified error function for imbalanced dataset classification problem Abstract - Learning의 목적: error rate의 최소화 - 본 연구에서 제안하는 것: imbalanced dataset에 대해 적절한 error rate를 계산하도록 하는 수정된 cost function - Imbalanced dataset의 특징: majority class/minority class 간의 instance 수 차이 존재 - 따라서 이 데이터셋을 학습하는 과정에서 두 class에 속하는 인스턴스 전체를 동일한 weight로 학습하게 되면 정확하지 않은 classification boundary가 생길 수 있음 Cf. 트레이닝 데이터 내에 major class 데이터가 많은 경우 (imbalanced data의 경우) 모든 예측을major class 로 분류하여도 높은 성.. DeepLGP: a novel deep learning method for prioritizing lncRNA target genes lncRNA Long non-coding RNA로 200nt 이상의 길이를 가지는 긴 RNA 분자이면서 단백질로 번역되지 않는 RNA를 의미한다. 생물체 내에서 lncRNA는 다양한 조절 기전에 참여하여 작용하는 것으로 밝혀졌는데, 다양한 조절 기전들은 다음과 같다. - Chromosomal silencing (염색체 침묵, 염색체 자체가 비활성화되는 작용) - Genomic imprinting (유전자 각인, 유전자의 발현 조절이 부모로부터의 원인에 의해 이루어지는 후성유전학적 현상) - Chromatin modification (염색질 구조 변형) - Transcriptional activation (전사 활성) - Transcriptional interference (전사 저해) - Nuclear .. Si-C is a method for inferring super-resolution intact genome structure from single-cell Hi-C data Gene regulations and 3D structure 생물체 유전 정보의 총체인 유전체는 진핵생물의 핵 내에서 DNA 분자가 꼬이고 정리된 상태의 입체구조를 이룬 상태로 존재한다. 유전체가 가지는 입제 구조를 통해 유전체 상의 특정 지역끼리의 상호작용, 단백질을 매개로 하는 상호작용 들이 발생하고, 또 새로이 유도된다. 이러한 입체구조로 발생하는 고차원의 유전체 상호작용은 두 개 이상의 지역이 관여할 수 있고, 그 중 enhancer - promoter 간의 상호작용은 on-off 보다 양적으로 수치화가 가능하다고 알려져 있다. 이러한 DNA 입체 구조는 생물체 내 조직, 기관에 따라 그 패턴이 상이하며 각기 다른 조직/기관에서의 유전자 발현을 유도한다. 따라서 단일 세포 수준에서의 DNA 입체구.. In vitro Reconstitution of an ABA Signaling Pathway ABA는 식물에서 많은 유전자의 발현을 조절하고 스트레스 저항성, 성장, 발달 등의 표현형에 주효한 역할을 한다. 여러 단백질이 ABA 수용체로 기능하고 있으며, 더 많은 단백질이 ABA 신호 전달 과정에 관여하는 것으로 알려져 있다. 그러나 ABA 수용체의 기능 차원에서의 정체성은 여전히 명확하지 않고 또한 ABA로부터 이어지는 신호 전달 기작 또한 불분명한 지점이 많은 상태이다. 본 논문에서는 최근 연구에서 밝혀진 ABA 수용체 PYR1, 단백질 인산화효소인 2C ABI1, serine/threonine protein kinase SnRK2.6/OST1, 전사인자 ABF2/AREB1을 활용하여 ABA에 의해서 유도되는 인산화 기작을 재구성하였다. 앞서 제시한 네 가지 분자들을 원형질에 도입하면 ABA.. Rheostatic Control of ABA Signaling through HOS15-Mediated OST1 Degradation 탈수 스트레스는 abscisic acid (ABA)의 축적을 야기한다. ABA는 식물 스트레스 신호 호르몬으로 Snf1-related kinases (SnRK2s)를 활성화시켜 적응성 반응을 유도한다. ABA에 의한 SnRK2s 반응 과정까지는 밝혀졌으나, 그 반응이 어떻게 조절되어 종료되는지에 대해서는 아직 밝혀져 있지 않다. 본 연구에서는 ABA 신호의 탈감작이 E3-ubiquitin ligase HOS15를 통한 OST1 (SnRK2.6) 단벡질의 안정성 조절에 의해 이루어지는 과정을 밝혔다. ABA 신호에 따라 HOS15로 인한 OST1의 분해가 억제되고 안정화된 OST1은 자극에 대한 반응을 유도한다. ABA 자극이 종료되면 protein phosphatases ABI1/2이 HOS15를 통해 .. Epigenetic switch from repressive to permissive chromatin in response to cold stress 염색질 조절에서 억제 상태로부터 활성 상태로 전환하는 것은 끊임없이 변화하는 환경에서 식물체가 생존하기 위해 중요한 생존 전략이다. 선행 연구에서는 WD40 repeat 단백질인 HOS15가 히스톤의 탈아세틸화 현상 및 저온 스트레스에 대한 반응에 관여하는것을 확인하였다. 그러나 HOS15가 저온 스트레스에 대한 저항성에 영향을 미치는 현상 이외에 분자 수준에서의 기작은 모두 밝혀지지 않았는데, 본 연구에서는 HOS15가 histone deacetylase 2C (HD2C)와 상호작용하고, 두 단백질이 함께 저온 반응성 유전자인 COR, COR15A, COR47의 프로모터와 관련되어 있는 것을 확인하였다. 추위에 의해 유도된 HD2C 분해는 HOS15가 기질 수용체로 작용하는 CULLIN4(CUL4) 기.. Involvement of Arabidopsis HOS15 in histone deacetylation and cold tolerance 염색질의 히스톤 변형은 유전자 발현 조절의 핵심 중 하나다. Histone acetyltransferase 혹은 histone deacetylase, WD40 repeat protein과 다양한 다른 구성요소들로 이루어진 단백질 복합체가 염색질의 히스톤 변형, 그리고 그에 따른 유전자 발현 조절에 관여한다. 더욱이 식물은 이동성을 지니고 있지 않으므로 변화하는 환경에 그대로 노출되므로 이에 따른 염색질 매개 후성유전학적 조절이 필수적일 것으로 생각될 수 있다. 그러나 식물의 환경에 대한 적응 반응에서 염색질 리모델링에 따른 전사 조절에 대한 연구는 아직 이루어지지 않았다. 본 연구에서는 염색질 리모델링에 의해 발생하는 유전자 발현 조절 과정에 초점을 맞춰 애기장대에서 histone deacetylatio.. Molecular Regulation of CBF Signaling in Cold Acclimation 추위 스트레스는 식물로 하여금 생장, 발달 및 분포를 제한하게 한다. 따라서 식물이 온도 변화를 어떻게 인식하고 어떤 반응을 유발하는지는 오랜 동안 관심 대상이었다. 전통적인 유전학 실험 및 분자 분석법 등을 통해 C-repeat/ DREB binding factors (CBFs)가 저온 적응에 중요한 전사인자로 기능하는 것이 밝혀졌다. 최근의 연구에서는 CBF 의존적 신호전달에 pivotal protein kinases의 역할이 밝혀지고 있고, 저온 순응 이라는 현상을 관찰했던 것에서 관찰에서 유전자 발현 수준을 살펴보는 수준으로 연구 대상이 확장되었다. 식물의 추의 적응 과정은 CBF의존 경로를 통해 유지되고 식물은 추위스트레스에 대한 적당한 댕을을 한다. 저온 적응 기작은 저온 신호가 세포 막으로부.. 이전 1 2 다음
