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Concepts

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SNP (Single-nucleotide polymorphism) SNP DNA 상에 발생하는 다양한 종류의 변이 중 base-level에서 발생하는 변이를 SNV, single nucleotide variant라고 한다. SNV는 특정 위치의 염기가 다른 종류의 염기로 바뀌는 Substitution, 1개 이상-수 개의 염기가 삽입되는 Insertion, 그리고 반대로 1개 이상-수 개의 염기가 삭제되는 Deletion으로 분류할 수 있다. 최근에야 SNP 데이터의 생성이 용이해지면서 많은 경우 SNV과 SNP를 혼용해서 사용하지만, 엄밀하게 SNV는 individual level에서 정의되는 변이이고, SNP과 구분된다. SNP (Single-nucleotide polymorphism)은 직역하면 '단일염기다형성' 이 된다. 이는 개인에게서 관찰할 수 있는 '단일염..
그래프의 생물정보학에서의 응용 그래프(graph) 점과 이들을 연결하는 곡선(?)의 집합 이라고 참고한 자료[1] 에서는 서술되어 있는데, 곡선이라고 할 필요는 없는 것 같고, node (점)와 edge (node 간의 연결)의 집합 정도로 설명하면 좋을 것 같다. 수식으로 나타내면 다음과 같다. G = (V, E) 위에서는 node, edge라고 표현했지만, 수학 이론에서는 주로 Vertex, Edge라고 사용되는 것 같다.. Edge는 방향성을 가지거나, 방향성을 가지지 않을 수 있다. 방향성을 가지지 않는 경우, edge에 의해 연결된 두 node 사이의 구별이 없다는 것을 의미하고, edge가 방향성을 가지는 경우, edge가 연결하고 있는 두 node중에 어느 한 꼭지점에서 다른 꼭지점으로의 방향성이 존재한다고 이해할 수 있..

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