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geultto5_END 뭔갈 하다 보니 시간이 이렇게 또 흘렀다. 또 다시 돌아온 회고는 어떻게 하지 타임. 누가 가르쳐 줬는 지 피해가는 법 만 배웠죠. 몇 번을 쓰려고 접속했다가 다른 일을 했다가 하며 방황하던 이 글에 다시 손을 대려니 문득 위와 같은 가사가 귓가에 흐른다. 물론 저 가사가 포함된 노래는 스스로에 대한 사랑을 약속하는 응원하는 노래이지만 피해가는 법 만 배웠다는 말에 괜히 찔리는 것은 단순히 기분의 문제만은 아닐테다. 회고 어떻게 쓰지 타임을 오래 끌기 싫어서 다른 사람들의 회고글도 조금 보고 내가 썼던 회고 글도 다시 뒤적여보는데 다짐 글에서도 "다짐 글을 쓰라던데 어떻게 쓰는 거였더라" 하면서 이전 글을 끄적거렸다는 글로 굳이 전하지 않아도 될 것 같은 모니터 뒤 행위들을 죄 나열해 써 두었더라.. 글..
[통계] Likelihood, Likelihood ratio test (우도, 우도비검정) 생물체의 진화를 연구하는데에는 다양한 접근방식과 방법론이 있을텐데, 생물정보학에서 가능한 진화 연구 중에는 정도로 불리는 분석 방법이 있다. 생물체의 진화 과정을 생각하면 계통수 (phylogenetic tree)를 먼저 떠올릴 수 있을 것 같다. 여러 개의 종에 대해 얻어진 계통수 상의 특정한 branch 상에서 해당 branch에 특이적으로 positive selection이 된 변이들을 포함하는 유전자를 찾는 분석이 이다. 이 분석에 대해서 자세히 다루기 전에, 여기서 selection을 판단하는 데 활용하는 검정방법인 Likelihood ratio test (우도비검정)을 먼저 살펴보려고 한다. 1. Likelihood (vs Probability) 우리말로 번역하면 가능도, 우도.. 정도로 쓸 ..
데이터베이스 입문 1.1 데이터베이스 시스템의 응용 데이터베이스의 다양한 활용 예 판매: 고객, 상품, 구매 정보 관리 은행업무: 고객정보, 계좌, 예적금 등의 정보 및 은행업무 수행을 위한 트랜잭션 대학: 학생정보, 수강신청, 학점 정보 등의 학사관리 1.2 데이터베이스 시스템의 목적 초기 데이터베이스의 형태: 파일 시스템 대학 예시 교수, 학생, 학과, 수업에 대한 정보 보관 예시 다음과 같은 응용프로그램의 필요 새로운 학생, 교수, 수업 추가 수업에 학생을 등록하고 수업 명단 생성 학생에게 학점 부여, 평점 계산, 성적 증명서 생성 새로운 기능이 필요할 때마다 새로운 응용프로그램이 필요 파일 시스템에 정보를 저장했을 때의 단점 데이터 중복과 비일관성 데이터 중복 → 저장공간의 낭비 ex: 여러 과목을 듣는 학생의 인..
[Format] Hi, Sam!_v1 SAM 파일 포맷은 read data를 reference sequence에 mapping한 결과로 얻게 되는 sequence alignment 를 표현합니다. 많은 컬럼을 담는 만큼 많은 정보를 담고 있는 파일이라 1부, 2부로 분류해서 본 포스트에서는 이 포맷을 이해하는 의의, 이해 과정에 필요한 추가적인 개념과 sam format의 전반적인 형태, 담고있는 정보 일반을 전달하고 추후에 작성 될 2부에서는 sam format 내에 "flag", "CIGAR string"을 조금 더 자세히 다루고, mapping 프로그램에 따라 결과물을 살펴볼 때 주의해야 할 점 정도를 추가로 서술하게 될 것 같습니다. [요약] SAM FORMAT이 컬럼 별 담고있는 정보는 아래와 같습니다. SAM format - 생물..
그런 날 그런 날이 있다. 뭘 해도 뭔가 조금씩 어긋나서 돌고 돌아 스스로를 탓하게 되는 그런 날. 어지간해서 나쁜 의도를 가지고 어떤 행위를 할 일은 없다. 분명 매 순간 나의 최선이라고 하는 선택을 했을텐데 그런데도 불구하고 유난히 그 선택이 가져오는 결과가 내 의도와 다르게 흘러간다. 아무튼 오늘이 그런 날이었다는 이야기. 런닝머신을 한참 뛰면서 오늘은 빡세게 일기를 써야지 다짐했는데 말이 안나온다. 하나 하나 짚어가며 이야기 해 봐야 결국 시시한 일이라 입을 다물게 된다. 결과적으로는 다 잘 풀렸고 풀릴 예정이기도 하다. 그냥 그것들을 힁 하고 넘겨버릴 마음의 여유가 없었던 것을 안다. 같이 사는 동생에게 운동에서 있었던 일들을 별 일인 양 미주알고주알 떠들다가 더 할 말이 떨어지니 그대로 우울 안으로 떨..
어떻게 연구제안서를 작성하면 좋을까? - 연구과제의 성격을 잘 파악해야 함 - 작성 요령을 잘 반영 (써야 하는 항목에 해당하는 적절한 것을 작성)해서 작성할 것 - 읽고싶은 제안서를 작성하려고 노력해야 함 읽고 싶은 제안서 쓰기 - 해당 필드의 전문가가 아닐 사람이 제안서를 평가하게 될 수 있음 - 평가자는 보통 한 편의 제안서가 아니라, 여러 편의 제안서를 심사함 - 따라서 제안서는 읽는 사람으로 하여금 는 감상을 느끼게 해야 함 읽고싶은 제안서란? - 심플한 제목 - 글이 지나치게 많은 것 보다는 적절한 summary figure를 활용하는 것이 좋음 - 아래와 같은 사항들을 고려한 제안서 연구목표의 설정 - 내가 할 수 있는 최대한을 제시하되, 현실성이 있어야 함 - 이 정도 목표밖에 안 돼? VS. 이 목표 달성이 가능해? 사이의 ..
[Genomics data processing] awk를 이용해서 bed format 을 chromosome 별로 분리하기 #basic awk '{close(f);f=$1}{print > f".bed"}' [input bed] #making path is also available awk '{close(f);f=$1}{print > "testdir/"f".bed"}' ./input_whole_genome.bed 이 카테고리에 처음 기록을 하게되어 쓰는 사족: 이런 저런 작업들을 하다보면, 인턴때나 석사 초기에는 직접 간단한 스크립트를 짜서... 데이터를 뽑고 그래도 그 와중에 조금씩 틀리기도 하고 고치기도 하고.. 하면서 작업을 했었던 것 같다. 그러다 조금 짬이 차니 그런 간단한, 반복적인, 언젠가 또 할 법한 작업들의 general한 형태 스크립트를 만들어 홈 디렉토리에 넣어두고 필요할 때 꺼내 조금씩만 수정해서 사용하다..
1월이 다 가기 전에 다잡는 올 한해 멋진 나! - 감정적 소모 최소화하기 - 행정일로 스트레스 받지 않기 (어차피 할 일..) - 잔잔하지만, 은은하지만 확실하게 - 졸업이 하고싶긴 한거야? 마인드를 뼈에 새기자.. 타투라도 해야 하나. - 어줍잖게 남 판단하는 것 지양. 어차피 내가 할 수 있는 일은 눈앞에 내 일 뿐 - 그래도 싫은 걸 어떡해 ? -> 뭘 어떡해 니가 지도교수야? 니가 맘만먹으면 자를 수 있어? 아니자너 ㅎ 냅둬 그럴 수도 있지.. 힘내!
면역체계와 백신 1. 바이러스 감염과 면역체계 백신을 이야기 하기 이전에, 면역체계에 대한 이해가 선행되어야 하는데, 생물체는 생물체 외부로부터 스스로를 보호하기 위한 일련의 면역체계를 가지고 있다. 이런 면역체계는 기본적으로 외부 물질, 혹은 생물체가 정말 외부로 부터 온 것인지를 판단하는 과정과 외부에서 온 물질을 파괴하는 과정으로 이루어져있고, 부가적으로 외부에서 도입된 생물체가 생성한 독성 물질을 약독화하거나, 중성화 하는 과정이 포함된다. 면역반응을 일으키는 외부 물질에는 대표적으로 박테리아(세균), 바이러스 등이 있다. 꼭 질병을 일으키는 박테리아나 바이러스가 아니더라도 가시에 피부가 찔렸을 때나 여러 경우에 외부의 미생물들이 체내에 도입되는데, 이런 경우에도 염증반응과 같은 면역반응이 활성화되어 외부 물질을..
F-statistics in population genetics 인간의 유전체는 22개의 상염색체쌍, 그리고 성염색체 2개로 구성되어있다(2n = 46). 쌍이라고 표현되는 것은 엄마-아빠로부터 물려받은 23개의 염색체가 쌍을 이뤄서 존재하기 때문이다. 23개 중 성염색체의 조합으로 우리의 성별이 결정되기도 한다. Heterozygosity는 엄마(n_m)-아빠(n_p)로부터 각각 한 세트 받아 구성된 자손의 유전체(n_m + n_p = 2n)내에서 특정 위치에 서로 다른 allele(대립유전자)을 가지는 상태를 의미한다. 발생 과정에서 쌍커풀을 만드는데 관여하는 유전자(A)가 있는데, 그 유전자 상에 특정 위치에 변이가 포함된 경우(a) 발생 과정에서 쌍커풀이 사라지게 된다고 가정했을 때, 어떤 개체가 양 부모로부터 A, A 를 물려받은 경우 쌍커풀을 가진 아기로 ..
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